По возвращению из Парижа в октябре 1782 г., Адамс присоединился к Джону Джей и Франклину для обсуждения мирного договора. В этом процессе Адамс особенно настаивал на права США на Канадское побережье, а также он был заинтересован в расширении территории Америки как можно дальше в западном направлении. Парижский договор об окончании войны за независимость был принят 3 Сентября 1783г. Пока Конгресс ратифицировал мирный договор, Адамс и его сын Джон Квинси Адамс объездили Англию. В 1783-84 гг. Адамс вел переговоры о ссудах для Америки в Нидерландах, а так же по коммерческим договорам в Париже. В 1785г. он был назначен первым послом США в Британии. 3 года проведенные им в Лондоне были тщетными для налаживания дружеских отношений между Англией и Америкой. Адамс тратил свое время для налаживания отношений с Томасом Джеферсоном, послом США во Франции, а также написав статью о защите конституционного образа правления в США. Как и другие сочинения Адамса, эта работа была неотшлифованная и в некоторой степени полемической, но она была богата информацией на тему
конституционной теории и часто ссылалась на Конституционный Конвент 1787 г. Адамс одобрял равновесие правительства и хвалил Британскую систему парламентария как "самую изумительную фабрику человеческого изобретения"

Гамильтон, который имел сильное влияние на ход переговоров, был беспомощен, но не смирился с выбором Адамса в качестве федералистского кандидата в президенты. Во время президентской кампании в 1796 году он тайно пытался заменить Томаса Пинкни на Адамса и таким образом разъединить партию. В итоге результаты выборов обоих кандидатов были очень близки - Адамс победил, набрав на 3 голоса больше, чем республиканец Джефферсон, который по действующей избирательной системе стал вице-президентом.

Президентство
Адамс начал свое правление 4 марта 1797 года. Целиком осознавая призрачность своей победы, он искал политической гармонии. Его речь при вступлении в должность подчеркивала прогресс нации, заявляла о его верности республиканским принципами призывала людей покончить с политическим партизанством. Он старался достичь согласия с Джефферсоном, побороть недоверие последователей Гамильтона и следовать мирным курсом в разногласиях с Францией по поводу Джейского соглашения.
Но он столкнулся с большими трудностями.

Пока Адамс одобрял права государств и реформу Статей Конфедерации, он мог не волноваться по поводу длительной слабости национального правительства. В 1788 он приветствовал предложенную Конституцию как "превосходно рассчитанную на то, чтобы сохранить Союз". Поскольку его мнение изменилось, он ушел в отставку со своего непроизводительного (бессмысленного) поста в Лондоне и возвратился в Браинтри с целью учиться, заниматься творчеством и садоводством. Спустя год на первых выборах по законам конституции он был выбран вице-президентом Соединенных Штатов, утвердив свое национальное положение как второе только после президента Вашингтона.

Первый Вице-президент.
Как и все то, чем бы он ни занимался, Адамс, когда его переизбрали второй раз вице-президентом в 1792, принял свои обязанности с энергией и со всей серьезностью. Он осуществлял контроль над Сенатом Соединенных Штатов и часто принимал решения на голосовании с целью осуществления мер, которые увеличат общие полномочия национального правительства и Президента в частности. Всегда готовый предложить свои мнения, Адамс читал лекции Сенату по его обязанностям. Он также издал ряд эссе, "Беседы Давила" (1791), в которых основательно (широко) обосновал гражданские беспорядки, со специальной ссылкой на французскую Революцию.

Как явный приемник Вашингтона, Адамс уяснил, что институт президентства в равной степени сводится к человеческим страстям и целям партии. Согласно его философии, на имеющийся пост найдется соответствующий человек ( "награда найдет своего героя"), и компетентность ,как характеризующая особенность, определят человека без какой-либо поддержки.В отличие от Вашингтона, у Адамса были соперники на пост президента и ему приходилось быть более гибким. Так, он позволил Александру Гамильтону возглавить партию федералистов, а сам попытался удалиться от политического руководства и даже объединиться с критиками деятельностисвоей партии.

Гамильтон был разгневан подобным поведением и пытался найти другого кандидата на пост представителя партии федералистов. Но партия серьезно конфликтовала с партией Республиканцев по вопросу ведения внешней политики. Это разногласие сводилось к войне между Англией и Францией, в котором партия федералистов симпатизировала англичанам, а партия Республиканцев - французам. Кульминация конфликта пришлась на день ратификации договора Jay с Англией в 1794 году. Этот проанглийский документ задел как французское правительство, так и про-французских республиканцев, которые продолжали вести оскорбительную компанию в печати
против Jay и администрации.

Как первый президент-преемник, Адамс не имел намерения следовать кадровым назначениям Кабинета, патронажу и политическим провозглашениям предшественника. Он решил оставить довольно-таки посредственный Кабинет Вашингтона частично потому, что хотел примирить Федералистов, а также потому, что знал, как трудно найти им достойную замену. Кабинет был лоялен к Федералистам, даже больше того - Гамильтону. Адамс не представлял в полной мере опасности подобного положения вещей до 1799 года, когда Кабинет, действуя против его политики, потерял его доверие.

Имея дело с Федералистами, Адамс понял, что избежать ведения партизанской политики невозможно, хотя он и одобрил назначения республиканцев Бенджамина Раша и Элбриджа Джерри. Поскольку отношения с Францией ухудшились, он рекомендовал вести подготовку к оборонительным действиям при продолжающихся мирных переговорах. Такие меры раздражали республиканцев, но Адамса это не остановило. Он придерживался своей политики установления мира при готовности к войне даже после того, как Французская Директория оскорбила американских посланников и начала задерживать американские суда. В январе 1798 года Адамс предложил создать управление военно-морским флотом и попросил образовать фонды, чтобы привести вооруженные силы в боевую готовность. Также прошли четыре билля, контролирующих подрывную деятельность, Акты об иностранцах и Антиправительственной агитации 1798-го года. Один из Актов предусматривал суровое наказание для тех, кто критиковал правительство. Эти жесткие меры, принятые в тревожное время, были одобрены Адамсом. Хотя некоторое количество журналистов было наказано за нападки на администрацию, законы не применялись особо безжалостно. Однако оппозиция представила их жестоким явлением и превратила в символы Федерализма.

К тому времени, когда Адамс полностью осознал, что происходит, он получил сообщение от Европы, что Франция возобновит переговоры. В феврале 1799 года он внезапно назначил Вильяма Ванс Мюррея специальным послом к большому удивлению
гамильтонов. Вокруг этого поступка велись ожесточенные споры, и Адамс пошел на компромисс, согласившись назначить комиссию вместо одного делегата. Но он выдержал давление Гамильтона, британского министра и некоторых членов его
кабинета. В конце концов, комиссия заключила договор с Францией 30 сентября 1800 года. Адамс преуспел в предотвращении войны с Францией и сохранении нейтралитета своей страны.

Переговоры раскололи партию, и Федералисты теперь открыто обсуждали воздействие этого разделения на выборы 1800 года. Когда два члена Кабинета, Государственный Секретарь Пикеринг и Военный Министр МакГенри, проявили свою нелояльность Адамсу, он заставил их подать в отставку без каких-либо политических уловок. Такое грубое действие привело в ярость Гамильтонцев, которые выказали свои чувства публично, уподобляясь недипломатичному поведению президента. Республиканцы, возглавляемые Джефферсоном и Аароном Баром, радовались затруднениям Федералистов. Адамс из-за своего темперамента был неспособен взять на себя ответственность лидера партии или драматизировать действия своей администрации. Этот недостаток сказался на результатах выборов. Федералисты проиграли президентство Джефферсону и Республиканцам восьмью голосами (65 к 73), а также потеряли большинство в Конгрессе.

Поздний период.
Адамс оставил президентский пост в 1801 году ради уединенной жизни в Куинси. Хотя он остался ожесточенным по отношению к Гамильтону и Федералистам, он снова обрел чувство юмора и служил своей стране на другом поприще. Адамс стал президентом Массачусетского Общества Искусства и Науки, Массачусетского Общества Поддержки Сельского Хозяйства и других обществ. Адамс также писал статьи для Бостонского патриота", освещая действия своей администрации, переписывался с множеством людей в духе Писем Цицерона. Эта переписка о политике, истории, национальных делах, религии и философии имела целью донести до следующих поколений основные принципы 1776 года. Его письма Джефферсону и Бенджамину Рашу являются монументами эрудиции,
раскрывающими неординарного человека, который мог быть и несдержанным, и мелочным, и симпатичным, но всегда полным жизни. Джон Адамс умер в Куинси, Массачусетс, 4-го июля 1826 года, в 50-ю годовщину Провозглашения Независимости Америки. Джефферсон умер в тот же день.